Do zadań pionu ochrony należy: 1/ zapewnienie ochrony informacji niejawnych, 2/ ochrona systemów i sieci teleinformatycznych, 3/ zapewnienie ochrony fizycznej Urzędu, 4/ kontrola ochrony informacji niejawnych oraz przestrzegania przepisów o ochronie tych informacji, 5/ okresowa kontrola ewidencji, materiałów i obiegu dokumentów, 6/ opracowywanie planu ochrony Urzędu i nadzorowanie jego realizacji, 7/ szkolenie pracowników w zakresie ochrony informacji niejawnych.
Kierownikiem pionu ochrony jest pełnomocnik do spraw ochrony informacji niejawnych, który odpowiada za zapewnienie przestrzegania przepisów o ochronie informacji niejawnych.
Kancelaria tajna odpowiedzialna jest za właściwe rejestrowanie, przechowywanie, obieg i wydawanie dokumentów uprawnionym osobom, oznaczonych klauzulą "poufne".
